Как я могу использовать автокартопостроитель для обновления значений свойств другого объекта, не создавая новый?
Используйте перегрузку, которая принимает существующий пункт назначения:
Mapper.Map<Source, Destination>(source, destination);
Да, он возвращает объект назначения, но это только для некоторых других неясных сценариев. Это тот же объект.