Мне известно только о RunSnakeRun .
Некоторое время назад также были разговоры об интегрированном профилировщике в PyDev (Eclipse), но я не знаю, увидит ли он когда-нибудь свет.
Обновление: К сожалению, похоже, что RunSnakeRun больше не поддерживается и не поддерживает Python 3.
Этот человек создал графический профиль, описанный здесь. Возможно, вы могли бы использовать его в качестве отправной точки для своей собственной работы.