Ваш обработчик кликов должен быть изменен на:
$("#checkall").on('click', function () {
$('#eventsTable').DataTable()
.column(1)
.nodes()
.to$()
.find('input[type=checkbox]')
.prop('checked', this.checked);
});
См. этот пример для кода и демонстрации.
Рассмотрим использование jQuery DataTables Флажки для упрощения обработки флажков в таблице на основе данных jQuery DataTables.
$("#chbox").click(function () {
//chbox is main checkbox
var rows,checked;
var rows = $("#viewlist").dataTable().$('tr', {"filter": "applied"});// viewlist is
checked = $(this).prop('checked');
$.each(rows, function () {
var checkbox = $($(this).find('td').eq(0)).find('input').prop('checked', checked);
});
});