gradle - как мне создать jar с lib dir с другими jar-файлами в нем?

Дословно удалено из: http://docs.codehaus.org/display/GRADLE/Cookbook#Cookbook-Creatingafatjar

Gradle 0.9:

jar {
    from configurations.compile.collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) }
}

Gradle 0.8:

jar.doFirst {
    for(file in configurations.compile) {
        jar.merge(file)
    }
}

Приведенные выше фрагменты будут включать только зависимости компиляции для этого проекта, но не какие-либо транзитивные зависимости времени выполнения. Если вы также хотите объединить их, замените configurations.compile на configurations.runtime.

РЕДАКТИРОВАТЬ : выбрать только нужные банки

Создать новую конфигурацию, возможно, releaseJars

configurations {
    releaseJars
}

Добавить нужные файлы в эту конфигурацию

dependencies {
    releaseJars group: 'javax.mail', name: 'mail', version: '1.4'
    //etc
}

, а затем использовать эту конфигурацию в описанной выше задаче jar.