Ваша проблема легче решать со структурой словаря, например:
x = 0
y = 1
z = 3
d = {0: 'c', 1:'d', 2:'e', 3:'f'}
mylist = [d[k] for k in [x, y, z]]
Чтобы обновить элемент в поле массива, вы можете использовать positional $ operator
Например, следующие js приращения c от 3 до 4 для _id 341445:
db.collection.update({a:1, "b._id":341445} , {$inc:{"b.$.c":1}})