если у вас есть плагин NppExec (по умолчанию), нажмите F6 и добавьте команду, запускающую ваш скрипт
python /path/to/script.py
Вам необходимо передать в программу переменную среды FULL_CURRENT_PATH, как описано в notepad ++ wiki :
python "$(FULL_CURRENT_PATH)"
Плагины NppExec Execute (F6) намного мощнее, чем простой Run (F5). Установите NppExec через Plugins, Plugin Manager. Затем в F6 добавьте/сохраните следующее:
NPP_SAVE
cd "$(FULL_CURRENT_PATH)"
C:\Python34\python.exe -u "$(FULL_CURRENT_PATH)"
В Plugins NppExec Console output filters (Shift+F6) добавьте следующую маску HighLight:
*File "%FILE%", line %LINE%
Убедитесь, что она отмечена, и сделайте ее, например, красной и подчеркнутой.
После "F6/execute" ошибки будут выделены и кликабельны!
Это работает в NPP568, возможно и в более старых.