Для 500 ошибок одним хорошим способом является включение диагностики и просмотр журналов - могут помочь как журналы событий приложений, так и журналы неудачных запросов. Вот один пост об этом - http://oakleafblog.blogspot.com/2010/11/adding-trace-event-counter-and-error.html
Как сказал Игорек, Вы также можете использовать RDP (удаленный рабочий стол) для входа и проверки приложения - вот хороший пост в блоге об этом - https://blogs.msdn.com/b/jimoneil/archive/2011/04/11 /500-and-other-errors-in-azure-deployments.aspx
Я предполагаю, что вы можете пропустить одну или несколько сборок из развернутого пакета