Как отправить несколько <входной тип = “флажок”/> как массив в PHP?

Вот так:

<input type="checkbox" name="checkboxname[]" />
<input type="checkbox" name="checkboxname[]" />
<input type="checkbox" name="checkboxname[]" />
<input type="checkbox" name="checkboxname[]" />
<input type="checkbox" name="checkboxname[]" />

Просто добавьте [] к их именам.

для тех элементов HTML-формы, которые могут посылать на сервер несколько значений (например, флажки или несколько флажков выбора), Вы должны использовать массив, подобный названию Вашего HTML-элемента. Например:

<input type="checkbox" name="checkboxname[]" />

также рекомендуется использовать enctype "multipart/form-data" для элемента формы.

<form enctype="multipart/form-data" action="target.php" method="post">

затем в ваших PHP-скриптах вы можете получить доступ к множественным значениям данных в виде массива, как вы и хотели.