Вам нужно разбить каждую фразу на слова и повторно присоединить слова к фразам после фильтрации из stop
.
[' '.join(w for w in p.split() if w not in stop) for p in abc]
Выводится:
['issues in performance', 'how are you doing', 'hey my name is abc, what is your name', 'pleased', 'compliance installed']