добавить новые элементы из массива в объединенный массив, сопоставив ключ

Это решение более многословно, чем могло бы быть написано, но выгода от этой конструкции кодирования заключается в простоте обслуживания и порядке элементов подмассива. Если вы внимательно посмотрите, вы увидите, что каждый элемент в выходных данных всегда находится в одном и том же порядке, независимо от того, из какого входного массива он получен.

Поскольку в этом решении используется только языковая конструкция (foreach()), оно будет работать в КАЖДОЙ версии php.

Код: ( Демо )

foreach ($array1 as $row) {
    $result[$row['id_question']]['id']             = $row['id'];
    $result[$row['id_question']]['id_question']    = $row['id_question'];
    $result[$row['id_question']]['type']           = null;
    $result[$row['id_question']]['answer']         = $row['answer'];
    $result[$row['id_question']]['pi']             = $row['pi'];
    $result[$row['id_question']]['ca']             = $row['ca'];
    $result[$row['id_question']]['pic']            = $row['pic'];
    $result[$row['id_question']]['deadline']       = $row['deadline'];
    $result[$row['id_question']]['new_deadline']   = $row['new_deadline'];
    $result[$row['id_question']]['reason']         = $row['reason'];
    $result[$row['id_question']]['notes']          = $row['notes'];
    $result[$row['id_question']]['last_root']      = null;
    $result[$row['id_question']]['exist_good']     = null;
    $result[$row['id_question']]['exist_not_good'] = null;
    $result[$row['id_question']]['not_exist']      = null;
    $result[$row['id_question']]['n_a']            = null;
}

foreach ($array2 as $row) {
    if (isset($result[$row['id']])) {         // default elements already declared, just overwrite the nulls
        // $row['question'] is omitted from data
        $result[$row['id']]['type']           = $row['type'];
        $result[$row['id']]['last_root']      = $row['last_root'];
        $result[$row['id']]['exist_good']     = $row['exist_good'];
        $result[$row['id']]['exist_not_good'] = $row['exist_not_good'];
        $result[$row['id']]['not_exist']      = $row['not_exist'];
        $result[$row['id']]['n_a']            = $row['n_a'];
    } else {
        $result[$row['id']]['id']             = $row['question'];  // no id, so use question
        $result[$row['id']]['id_question']    = null;
        $result[$row['id']]['type']           = $row['type'];
        $result[$row['id']]['answer']         = null;
        $result[$row['id']]['pi']             = null;
        $result[$row['id']]['ca']             = null;
        $result[$row['id']]['pic']            = null;
        $result[$row['id']]['deadline']       = null;
        $result[$row['id']]['new_deadline']   = null;
        $result[$row['id']]['reason']         = null;
        $result[$row['id']]['notes']          = null;
        $result[$row['id']]['last_root']      = $row['last_root'];
        $result[$row['id']]['exist_good']     = $row['exist_good'];
        $result[$row['id']]['exist_not_good'] = $row['exist_not_good'];
        $result[$row['id']]['not_exist']      = $row['not_exist'];
        $result[$row['id']]['n_a']            = $row['n_a'];
    }
}
var_export($result);

Вывод:

array (
  39 => 
  array (
    'id' => '7ac648ce-18aa-11e9-b673-005056be36b2',
    'id_question' => '39',
    'type' => 'NON DOS',
    'answer' => '1',
    'pi' => 'very good',
    'ca' => NULL,
    'pic' => NULL,
    'deadline' => NULL,
    'new_deadline' => NULL,
    'reason' => NULL,
    'notes' => NULL,
    'last_root' => '1',
    'exist_good' => '1',
    'exist_not_good' => '0',
    'not_exist' => '1',
    'n_a' => '0',
  ),
  40 => 
  array (
    'id' => '8653ef3d-18aa-11e9-b673-005056be36b2',
    'id_question' => '40',
    'type' => 'NON DOS',
    'answer' => '3',
    'pi' => 'no problem',
    'ca' => NULL,
    'pic' => NULL,
    'deadline' => NULL,
    'new_deadline' => NULL,
    'reason' => NULL,
    'notes' => NULL,
    'last_root' => '1',
    'exist_good' => '1',
    'exist_not_good' => '0',
    'not_exist' => '1',
    'n_a' => '0',
  ),
  38 => 
  array (
    'id' => 'Kebersihan Meja Counter dan Meja Fincoy ',
    'id_question' => NULL,
    'type' => 'NON DOS',
    'answer' => NULL,
    'pi' => NULL,
    'ca' => NULL,
    'pic' => NULL,
    'deadline' => NULL,
    'new_deadline' => NULL,
    'reason' => NULL,
    'notes' => NULL,
    'last_root' => '1',
    'exist_good' => '1',
    'exist_not_good' => '0',
    'not_exist' => '1',
    'n_a' => '0',
  ),
  42 => 
  array (
    'id' => 'Sales Guide',
    'id_question' => NULL,
    'type' => 'NON DOS',
    'answer' => NULL,
    'pi' => NULL,
    'ca' => NULL,
    'pic' => NULL,
    'deadline' => NULL,
    'new_deadline' => NULL,
    'reason' => NULL,
    'notes' => NULL,
    'last_root' => '1',
    'exist_good' => '1',
    'exist_not_good' => '0',
    'not_exist' => '1',
    'n_a' => '0',
  ),
...
)

Здесь вы можете использовать ksort() для упорядочения строк данных id, array_values() переиндексировать вывод или преобразовать в json с помощью json_encode().

Чтобы упростить ваш код, я постарался сделать это за несколько шагов. Это сохраняет движущиеся данные несколько раз (комментарии в коде) ...

$json = json_decode($string, true);
$json2 = json_decode($string2, true);

// Create $result with an array indexed by id_question
$result = array_column($json, null, "id_question");

foreach($json2 as $key)
{
    // If question doesn't exist
    if(!isset($result[$key['id']]))
    {
        // Set values from new question
        $row=$key;
        $row["id_question"]=$key['id'];
        $row["id"]=$key['question'];
        // Remove this element as not needed in new array
        unset ( $row['question']);
        $row["answer"]=null;
        $row["pi"]=null;
        $row["ca"]=null;
        $row["pic"]=null;
        $row["new_deadline"]=null;
        $row["reason"]=null;
        $row["notes"]=null;
        $row["deadline"]=null;
        // Add to result
        $result[]=$row;
    }
    else
    {
        // Question is already present, just add in new details
        $result[$key['id']]["type"]=$key['type'];
        $result[$key['id']]["last_root"]=$key['last_root'];
        $result[$key['id']]["exist_good"]=$key['exist_good'];
        $result[$key['id']]["exist_not_good"]=$key['exist_not_good'];
        $result[$key['id']]["not_exist"]=$key['not_exist'];
        $result[$key['id']]["n_a"]=$key['n_a'];
    }
}

// Use array_values() to remove keys (the question ID) and encode result
$json=json_encode(array_values($result));
print_r($json);