Как получать вызовы OnActivate / OnDeactivate для моих окон Caliburn.Micro?

Вместо добавления артефактов в вашу пусковую установку, которые просто создают шум в отношении .csproj, рассмотрите возможность использования событий build .

Щелкните правой кнопкой мыши проект вашей пусковой установки, выберите «Свойства» затем Build Events. В командной строке события Post-build введите соответствующие команды копирования, чтобы скопировать ваши двоичные файлы и артефакты из ваших других папок проекта в папку OutDir вашей пусковой установки.

Что-нибудь еще, и вы, вероятно, должны посмотреть на создание установщика.