Я только знаком с упрощенным javadoc генератором, однако я хотел бы включать некоторые математические уравнения в свой javadoc (вместо того, чтобы постоянно сослаться на другой документ).
Существует ли удобная опция сделать, чему-то нравится, включают/правильно ЛАТЕКС рендеринга (самый предпочтительный - затем я мог просто cut-n-paste), или теги MathML?
Хотя я лично этого не делал, есть способы создать свои собственные, используя Doclet или Taglet API, чтобы создать свой собственный Doclet или Taglet. Некоторые из них уже были выполнены в соответствии с быстрым поиском и одним из таких примеров http://www.ohloh.net/p/latextaglet
Если вы чувствуете себя достаточно смелым, проект latextaglet имеет открытый исходный код, поэтому возможно, вы сможете адаптировать его под свои нужды.
Возможно, что-то вроде MathJax или jsMath может быть вашим решением. Они оба являются библиотеками JavaScript, поэтому вам придется найти способ добавить их на свои страницы javadocs.
Посмотрите на Doxygen.
Он молниеносно быстрый, бесплатный и поддерживает встроенный LaTeX.