Ошибка импорта: невозможно импортировать имя '_get_logger' Niftynet

Вам нужно установить только tensorflow-gpu и установить для него правильную версию. Сначала удалите все:

pip3 uninstall tensorflow-gpu tensorflow

Затем переустановите правильную версию tenorflow-gpu

pip3 install --user tensorflow-gpu==1.12

Версия упоминается в руководстве по установке: https: //niftynet.readthedocs. IO / о / DEV / installation.html