«Есть ли функция matlab для разделения матриц на заданные пользователем блоки?

В MATLAB встроена функция изменения формы , выполняющая именно то, что вы хотите:

n = size(matrix, 1);
res = reshape(matrix, n, a, []);

В результате получается матрица n x a x n/a res.

Обновление: Как правильно отметили в комментариях @Adriaan , введение дополнительного измерения - не единственный способ разбить двумерную матрицу на несколько меньших. Тот же результат может быть достигнут с помощью встроенной функции Cell Arrays и mat2cell :

res2 = mat2cell(matrix, [n], repmat(a, 1, n/a));