Если у вас есть простое регулярное выражение, замените в perl следующим образом:
($line =~ s/JAM/AAA/g){
как бы мне изменить его, чтобы он смотрел на совпадение и делал замену в том же регистре, что и совпадение например:
"JAM" станет "AAA" и 'jam' превратится в 'aaa'