Вы можете написать shell-script для запуска вашего приложения. Назовите его something.sh
и поместите в него java -jar YourProgram.jar
. SH, вы должны иметь возможность двойного щелчка. Файлы Java, которые вы не можете (если у них нет пользовательского интерфейса), поскольку они не запускаются терминалом, а JVM не знает, что использовать терминал witch.