Свойство метода sizeToScene метода replaceWith () обрезает верхнюю часть и увеличивает нижнюю часть окна.

Я думаю, что нашел проблему, потому что предметы из flowpane были больше, чем они могли вписаться в окно. Я добавил flawpane в scrollpane, и проблема была решена.

override val root = borderpane {
    addClass(screen)
    top = toolbarLayout.root
    center = scrollpane {
        isFitToHeight = true
        isFitToWidth = true
        vbarPolicy = ScrollPane.ScrollBarPolicy.AS_NEEDED
        content = flowpane {
            vgap = 20.0
            hgap = 20.0
            padding = insets(20, 40, 20, 40)
            for (i in 0..15) {
                add(MobileAppGridItemLayout(i))
            }
        }
    }
}