eclipse.ini не поддерживает подстановку переменных.
Подстановка @user.home
и @user.dir
выполняется кодом местоположения Equinox и, следовательно, поддерживается только для значений местоположения Equinox, которые:
osgi.install.area
osgi.configuration.area
osgi.configuration.area.default
osgi.instance.area
osgi.instance.area.default
osgi.user.area
osgi.user.area.default
Код, который делает это, org.eclipse.osgi.internal.location.EquinoxLocations