Графическая круговая диаграмма с MPAndroidChart с изображением

Вы дважды читаете файл (с file и file_get_contents), который, я думаю, путает более поздний код. У вас есть все, что вам нужно, с первым вызовом - массив всех строк в файле. Вы также используете str_replace для удаления содержимого, что кажется немного опасным, если какое-либо содержимое повторяется.

Я бы реорганизовал это, чтобы просто отфильтровать массив строк на основе их строк, номер, затем записать его обратно в файл за одну операцию:

$myfile = 'txt.txt';
$remove = [1, 3, 5, 7, 10];

// Read file into memory
$lines = file($myfile);

// Filter lines based on line number (+1 because the array is zero-indexed)
$lines = array_filter($lines, function($lineNumber) use ($remove) {
    return !in_array($lineNumber + 1, $remove);
}, ARRAY_FILTER_USE_KEY);

// Re-assemble the output (the lines already have a line-break at the end)
$output = implode('', $lines);

// Write back to file
file_put_contents($myfile, $output);