У узлов JS и Apache параллельно есть проблемы с hrefs

Чтобы добавить к ответу Серка, вы также можете изменить размер фигуры перед ее отображением:

# ...
plot_tree(model)
fig = plt.gcf()
fig.set_size_inches(18.5, 10.5)
plt.show()