SMOTE не выполняет заполнение ваших отсутствующих значений или значений NaN. Вам необходимо заполнить их, а затем подать на анализ SMOTE. Работа с отсутствующими значениями - совсем другая задача, вы можете взглянуть на Imputer из sklearn для начала. Вот еще одна запись в sklearn относительно отсутствующих значений: Ввод недостающих значений
Как только вы закончите работу с значениями NaN, затем подайте ваши измененные данные на SMOTE
.
Ссылки