[Это ответ на этот вопрос. Возможно, кто-то обратится к вашему вопросу напрямую]
Я вижу, что (сохранение разного кода в разных ветвях) является неправильным использованием ветвления. Вы можете обрабатывать это как два разных репозитория или как monorepo обоих проектов. Я бы предложил посмотреть различные ссылки на monorepos, а также на популярные стратегии рабочего процесса git.