Переключитесь на пользователя, с которым работает ваш php, и попытайтесь получить доступ к файлу. Возможно, вам не хватает разрешений на выполнение в одной из папок на пути к файлу.
Итак, я выяснил, в чем заключается проблема, когда мое назначение потребовало от меня использования файла SQL с 180 000 операторов вставки, поэтому это заняло так много времени. Мне пришлось вручную изменить их, чтобы они были только одним оператором вставки с несколькими значениями.