Вам нужно обновить мультиселекцию после того, как вы установите новые выбранные параметры, используя .prop("selected", true)
.
$.each(data.classifications, function(i, e) {
$("#classification option[value='" + e + "']").prop("selected", true);
});
$('#classification').multiselect('refresh');
Описание метода refresh
:
Этот метод используется для обновления отмеченных флажков на основе выбранных в данный момент опций.
Вы можете увидеть полный список доступных методов ЗДЕСЬ .