Лучший способ организовать проекты в области биоинформатики? [закрыто]

Закрыто . Этот вопрос основан на мнении . В настоящее время он не принимает ответы.

Хотите улучшить этот вопрос? Обновите вопрос, чтобы на него можно было ответить с помощью фактов и цитат, редактируя это сообщение .

Закрыт 3 года назад .

Я вырос в информатике. фон, но сейчас я занимаюсь геномикой.

Мои проекты включают в себя много биоинформатики, обычно включающей: выравнивание последовательностей, сравнение перекрытия и т. д. между последовательностями и различные особенности-аннотации генома из разных классов биологических образцов, временные рамки данные, микрочип , высокопроизводительное секвенирование ( секвенирование «следующего поколения» , хотя на самом деле это текущее поколение), данные и тому подобное.

Рабочий процесс с таким видом анализов сильно отличается от того, что я испытал во время учебы в информатике: нет UML и тщательно спроектированных объектов, сияющих безупречной элегантностью, без управления версиями, без надлежащей документации (часто вообще без документации), без разработки программного обеспечения.

Вместо этого все, что делают в этой области, взламывают один Perl-скрипт или AWK - однострочник за другим, обычно для одноразового использования.

Я думаю, причина в том, что входные данные и форматы меняются так быстро, что на вопросы нужно так быстро отвечать ( крайние сроки!), что, похоже, нет времени для организации проекта.

Один пример, иллюстрирующий это: Допустим, вы хотите написать трассировщик лучей. Вы, вероятно, сначала приложили бы много усилий к разработке программного обеспечения. Затем запрограммируйте его, наконец, в оптимизированной форме. Потому что вы будете использовать трассировщик лучей бесчисленное количество раз с разными входными данными и будете вносить изменения в исходный код в течение многих лет. Поэтому хорошая программная инженерия имеет первостепенное значение при написании серьезного трассировщика лучей с нуля. Но представьте, что вы хотите написать трассировщик лучей, при этом вы уже знаете, что будете использовать его для трассировки одного единственного изображения. На этой картинке изображена отражающая сфера над клетчатым полом. В этом случае вы бы просто как-нибудь взломали его. Биоинформатика похожа только на последний случай.

В итоге вы получаете целые деревья каталогов с одинаковой информацией в разных форматах, пока не достигнете одного конкретного формата, необходимого для следующего шага, и дюжину файлов с именами типа "tmp_SNP_cancer_34521_unique_IDs_not_Chimp.csv" "где ты не" Днем позже я не имею ни малейшего представления, почему вы создали этот файл и что это такое.

Некоторое время я использовал MySQL , который помогал, но теперь скорость, с которой новые данные генерируются и изменяются форматы таковы, что невозможно правильно спроектировать базу данных.

Мне известно об одной публикации, посвященной этим вопросам (Noble, WS (2009, июль). Краткое руководство по организации проектов в области вычислительной биологии. PLoS Comput Биол 5 (7), е1000424 +). Автор довольно хорошо резюмирует цель:

Основной руководящий принцип прост:

Мне известно об одной публикации, посвященной этим вопросам (Noble, WS (2009, июль). Краткое руководство по организации проектов в области вычислительной биологии. PLoS Comput Biol 5 (7), e1000424 +). Автор довольно хорошо резюмирует цель:

Основной руководящий принцип прост:

Мне известно об одной публикации, посвященной этим вопросам (Noble, WS (2009, июль). Краткое руководство по организации проектов в области вычислительной биологии. PLoS Comput Biol 5 (7), e1000424 +). Автор довольно хорошо резюмирует цель:

Основной руководящий принцип прост: Кто-то не знаком с вашим проектом должен иметь возможность посмотреть на ваш компьютерные файлы и понимать в подробно, что ты сделал и почему.

Ну, я тоже этого хочу! Но я уже следую той же практике, что и этот автор, и считаю, что этого абсолютно недостаточно.

Документирование каждой команды, которую вы вводите в Bash , комментируя ее, почему именно вы это сделали, и т. Д. , просто утомительно и подвержено ошибкам. Шаги во время рабочего процесса слишком мелкие. Даже если вы это сделаете, выяснение того, для чего предназначен каждый файл, и в какой момент конкретный рабочий процесс был прерван, по какой причине и где вы продолжили, может оказаться чрезвычайно утомительной задачей.

(Я не используя слово «рабочий процесс» в смысле Таверны; под рабочим процессом я просто подразумеваю шаги, команды и программы, которые вы выбираете для выполнения для достижения определенной цели).

Как вы организуете свои биоинформатические проекты?

workflow bioinformatics

задан Peter Mortensen 16 January 2016 в 12:35

0 ответов

Другие вопросы по тегам:

workflow bioinformatics

Лучший способ организовать проекты в области биоинформатики? [закрыто]

0 ответов

Похожие вопросы: