Выполнение нескольких команд с помощью Popen.stdin

Я хотел бы выполнить несколько команд в автономном приложении, запущенном из сценария Python, с помощью каналов. Единственным путем я мог надежно передать команды stdin программы, использовал Popen.communicate, но это закрывает программу после того, как команда выполняется. Если я использую Popen.stdin.write, чем команда выполняется только в 1 раз приблизительно из 5, это не работает надежное. Что я делаю неправильно?

Уточнить немного:

У меня есть приложение, которое слушает stdin для команд и выполняет их линию за линией. Я хотел бы иметь возможность запустить приложение и передать различные команды ему, на основе пользовательского взаимодействия с GUI. Это - простой тестовый пример:

import os, string
from subprocess import Popen, PIPE

command = "anApplication" 
process = Popen(command, shell=False, stderr=None, stdin=PIPE)

process.stdin.write("doSomething1\n")
process.stdin.flush()
process.stdin.write("doSomething2\n")
process.stdin.flush()

Я ожидал бы видеть результат обеих команд, но я не получаю ответа. (Если я выполняю одну из строк Popen.write многократно, она иногда работает.)

И если я выполняюсь:

process.communicate("doSomething1")

это работает отлично, но приложение завершается.