папки проекта действительно необходимы?

Здесь у вас есть два реальных варианта.

1. Используйте псевдослучайное преобразование на числах, соответствующих критериям - запустите его через SHA1 или что-то в этом роде. Это будет производить каждый раз каждый раз, поэтому вам не нужно отслеживать. Это не будет действительно случайным, хотя.
2. Сохраните список каждой сделанной вами замены, чтобы при просмотре второго файла вы можете использовать этот список, чтобы узнать, какая должна быть правильная замена .