посмотрите на некоторые из этих тем . Поскольку проекты являются открытым исходным кодом, вы должны быть в состоянии их внимательно изучить.
Документация MATPLOTLIB - отличный пример, который я думаю. У них даже есть подробное описание в документировании MATPlotlib : динамически сгенерированные фигуры и диаграммы наследования - их пользовательские расширения к Сфинксу. Их документация также имеет пользовательский логотип.
Я думаю, что вы сможете загрузить источник RST Document для большинства проектов.
Мне всегда нравились SQLAlchemy docs. Они сильно отличаются от стандартных тем Sphinx и очень хорошо вписываются в их сайт.
http://docs.djangoproject.com/en/1.1/ и http://ask.github.com/celery/ - два хороших примера.
новые API-документы blender.org только что получили обновление тема sphinx тоже доступна для загрузки
Сайт
http://www.blender.org/documentation/blender_python_api_2_59_release
Главный сайт (на котором основана тема)
http://www.blender.org/
Файлы темы
https://svn.blender.org/svnroot/bf-blender/trunk/blender/doc/python_api/blender-org/
Только один пример, но интересно посмотреть, насколько близки совпадения.