Вы можете превратить свою функцию в генератор , заменив
return self.read_file(filename)
на
yield self.read_file(filename)
. Это позволило бы вам написать:
for unmapped_positions in alerter.positions_file_search(alerter.fundCodes):
...
Для получения дополнительной информации о генераторах см. https://wiki.python.org/moin/Generators