нативный запрос возвращает результаты на h2, но не в репозитории jpa

Вопрос полностью не связан с python.

Я предлагаю прекратить использование shell=True, потому что он вызывает оболочку для вызова вашего подпроцесса, добавляя бесполезные служебные данные (вызывать процесс для вызова другого процесса). Другим преимуществом является то, что он позволяет вам предоставить командную строку в виде списка параметров, что освобождает вас от атак цитаты и пробела.

Тем не менее, просто добавьте папку в имя файла назначения и будет генерироваться там:

filename = 'audio.wav'
destination = r'C:\Some\Folder'
subprocess.check_output(["ffmpeg", 
    "-i", location,
    "-vn",
    "-ar", "44100",
    "-ac", "1",
    "-b:a", "32k",
    "-f", "wav",
    os.path.join(destination, filename)
])