Привет, я пытаюсь построить ковчег из ионного углового приложения, получая ошибки во время сборки

Вам просто нужно перейти туда, где это условие, и добавить WITH следующим образом:

CALL apoc.load.json('file.txt') YIELD value AS q UNWIND q.id AS id UNWIND q.authors as authors MERGE (a:Author {name:authors.name}) WITH a, q, authors WHERE authors.org is not null MERGE (o:Organization {name:authors.org}) MERGE (i:Paper {id:q.id}) ON CREATE SET i.title=q.title MERGE (a)-[:WORKS_AT]->(o) RETURN o.name;

Причина, по которой вы получаете сообщение об ошибке, состоит в том, что вы пытаясь сделать MERGE после WHERE, что не является синтаксически действительным. Запись структуры запроса в cypher работает следующим образом: (взято из cypher refcard )

[MATCH WHERE] [OPTIONAL MATCH WHERE] [WITH [ORDER BY] [SKIP] [LIMIT]] (CREATE [UNIQUE] | MERGE)* [SET|DELETE|REMOVE|FOREACH]* [RETURN [ORDER BY] [SKIP] [LIMIT]]

После WHERE нет возможности использовать MERGE без сначала используя WITH.