Для этого вы можете использовать includeCoordinate. Он будет соответствовать всем координатам в границах.
var bounds = GMSCoordinateBounds()
bounds = bounds.includingCoordinate(source)
bounds = bounds.includingCoordinate(destination)
self.mapView.animate(with: GMSCameraUpdate.fit(bounds, withPadding: 10.0))
Обновлено!
let bounds = GMSCoordinateBounds(coordinate: source, coordinate: destination)
self.mapView.animate(with: GMSCameraUpdate.fit(bounds, withPadding: 100))
mapView.padding = UIEdgeInsets(top: 0, left: 0, bottom: self.bottomView.height, right: 0)