Я решил эту проблему, вручную кодируя функцию перевода, которая сохраняет метку времени (как целое число) вместо массива numpy объектов datetime. Я считаю, что MSGPACK (даже с добавлением MSGPACK-NUMPY) просто не способен обрабатывать массивы объектов datetime, даже с кодированными декодерами и кодами для объектов datetime (проблема связана с массивом numpy типов объектов, а не с datetime).
Существует специальный раздел в Содействие на странице «Документация», в котором описывается, как отправить запрос на извлечение обновлений документации.