Как я могу удалить папку из файла?

Я уверен, что нет. Из https://www.graphviz.org/doc/info/lang.html :

Оператор края разрешает подграф как на левой, так и на правой сторонах краевой оператор. Когда это происходит, ребро создается из каждого узла слева для каждого узла справа.

Это означает, что вам нужно повторить что-то , чтобы не было иметь ребра из ветви (включая корень) в дереве до все на этой ветке. Я обычно прибегаю к повторению узлов, которые легче всего писать.

Я не думаю, что это сделает вас намного счастливее, но вот подход, в котором повторяется только корневой узел: