Как изменить цвет линии оси d3.js

Если вы используете D3 v5 (и, возможно, v4), стиль по умолчанию теперь внедряется на уровне элементов, что избавляет вас от необходимости определять его самостоятельно в CSS. Один из способов преодолеть это - переопределить его с помощью CSS! Flag.

.x.axis line {
    stroke: gray !important;
}

В качестве альтернативы повторно примените его к элементам после вызова оси, используя d3:

d3.selectAll(".x.axis line")
    .style("stroke","gray");

Может потребоваться небольшой фишинг, но принцип должен работать.