Используйте Python для удаления строк в файлах, начинающихся с octothorpe?

Это кажется прямым вопросом, но я не могу точно определить свою проблему. Я пытаюсь удалить все строки в файле, которые начинаются с восьмигранника (#), кроме первой строки. Вот цикл, с которым я работаю:

for i, line in enumerate(input_file):
    if i > 1:
        if not line.startswith('#'):
            output.write(line)

Похоже, что приведенный выше код не работает. Кто-нибудь знает, в чем моя проблема? Спасибо!