d3 при наведении курсора и нажатии события

DF %>% group_by(Grp) %>%
    mutate(Dist = colMeans(as.matrix(dist(cbind(x, y)))))
# # A tibble: 20 x 5
# # Groups:   Grp [4]
#      Item   Grp            x            y      Dist
#    <fctr> <int>        <dbl>        <dbl>     <dbl>
#  1      a     1 -0.197904299  0.363086055 0.4659160
#  2      b     1  0.090540444 -0.006314185 0.2031230
#  3      c     1  0.101018893 -0.025062949 0.2011672
#  4      d     1  0.006358616 -0.149784267 0.2323359
#  5      e     1  0.219596250 -0.341440596 0.3605274
#  6      f     2 -0.493124602 -0.002935820 0.5155365
# ...

Чтобы узнать, как это работает, начните с одного подмножества данных и перейдите по частям:

# run these one line at a time and have a look at ?dist
dd = DF[DF$Grp == "1", c("x", "y")]
dist(dd)
as.matrix(dist(dd))
colMeans(as.matrix(dist(dd)))