По умолчанию отсутствуют ограничения Autolayout при программном добавлении

Ключ здесь не в настройке фрейма

let inBox = UIView(frame: CGRect(x: 100, y: 2000, width: 10, height: 10))

, но здесь

inBox.translatesAutoresizingMaskIntoConstraints = false

эта строка игнорирует внутреннее преобразование фрейма в ограничения и устанавливает их по умолчанию на ноль, недостаточные ограничения не означают, что вы не можете видеть представление, например, вы можете сделать то же самое в IB и по-прежнему видеть представление с красной рамкой, а также после запуска, но это не значит, что оно установлено правильно, и это как окончательные ограничения будет преобразован во фрейм, так что это совпадение относительно нуля