Как удалить специальные символы?

Вы можете использовать чередование и группировку.

([a-z]+)\. - Соответствует одному или нескольким символам (захватывает как группа), за которыми следует точка.

\.([a-z]+) - Совпадает с точкой, за которой следует один или несколько символов (захватывает персонажи как группу)

И заменяет сопоставленную группу.

let str = `ABCD, N.C. exg. 58/2095, s. 2.7 `

let op = str.replace(/([a-z]+)\.|\.([a-z]+)/ig, '$1')

console.log(op)

Если вы вводите только ASCII, просто замените каждую букву, за которой следует точка, самим символом:

console.log(
  "ABCD, N.C. exg. 58/2095, s. 2.7".replace(/([a-z])\./ig, '$1') 
);

Удаление каждого специального символа.

Потому что именно это вы и говорите. [^\w.\s] соответствует каждому символу, который не является буквой, цифрой, _, . или пробелом.