Мы делаем это на производстве, хотя и с приложением, которое не является критически важным и не имеет высокооплачиваемых администраторов баз данных для персонала. Это всего лишь один ручный процесс, который подвержен человеческой ошибке - приложение может обнаружить разницу и сделать правильную вещь, плюс вы предположительно протестировали ее в различных средах разработки и тестирования.
Одно предостережение - в кластерной среде вы можете избежать этого, потому что одновременно могут появляться несколько приложений и пытаться изменить схему, которая может быть плохой. Или поставьте некоторый механизм, где разрешено обновлять схему только одному экземпляру.