Создатели Hibernate не рекомендуют делать это в производственной среде в своей книге «Сохранение Java с Hibernate» :
ВНИМАНИЕ: Мы видели, что пользователи Hibernate пытаются использовать SchemaUpdate для автоматического обновления схемы производственной базы данных. Это может быстро закончиться катастрофой и не будет разрешено вашим администратором баз данных.