Хотя я считаю самоучитель по Autotools Александра Дюре-Лютца, упомянутый в ответе elmarco, самым лучшим из доступных, вам также следует знать о книге Козлова:
http://sourceware.org/autobook/
Версии инструментов, которые в ней рассматриваются, довольно старые, но это хорошее введение, и оно представлено в логическом порядке. Она также более полная, чем Учебник. Возможно, его лучше использовать как дополнительное чтение после изучения Учебника.
ОБНОВЛЕНИЕ Есть также книга Джона Калкота, она была опубликована примерно в августе 2010 года и очень хороша. Я не уверен, что вся книга есть в сети по этой ссылке, но по крайней мере часть ее есть.
Я не уверен, что вы можете получать удовольствие от систем сборки ... Вы читали Учебное пособие по Autotools?
http://www.lrde.epita.fr/~adl/autotools.html
Есть разные ресурсы об автоинструментах, проблема в том, что они, как правило, неполные, немного устаревшие и т. д. .
Одним из недавних отличных документов является Autotools Mythbuster, хотя это не введение: