Используйте forloop.counter
и модуль-оператор внутри цикла:
{% for ... %}
{% if forloop.counter|divisibleby:3 %}{% endif %}
...
{% if forloop.counter|divisibleby:3 %}{% endif %}
{% endfor %}
См. http://docs.djangoproject.com/en/dev/ref/templates/builtins/# для
EDIT:
Исправлен пример кода.