Вместо этого с помощью SQL-запроса используйте функцию php: mysqli :: set_charset mysqli_set_charset
Note: This is the preferred way to change the charset. Using mysqli_query() to set it (such as SET NAMES utf8) is not recommended.
Дополнительную информацию см. в разделе концепций набора символов MySQL.
Вам не нужно экспортировать имена полей в отдельный файл, если вы не используете действительно старую версию Монго.
Попробуйте это
mongoexport --db users --collection contacts --type=csv -f email,name --out /opt/backups/contacts.csv
Убедитесь, что между именами полей нет пробелов
-f email, name // this is wrong
Если эта команда работает, значит, у вас проблема с fieldFile .