Потяните цветную сферу из декартовых координат в pymol
Я смотрел в Wiki, как преобразовать следующую информацию о бусинках, декартовы координаты + энергия:
23.4 54.6 12.3 - 123.5 54.5 23.1 9.45 - 56.7.......
к ничьей в pymol, который содержит для каждого атома сферу радиуса R, центрируемый на его координатах, и с цветом, в градиенте радуги.
Спасибо
1 ответ
делает то, что вы оказываете на самом деле иметь что угодно с молекулярной структурой (т. Е. Что такое мотивация для использования пимола)?
Если вы рисуете некоторую молекулярную структуру, я бы рекомендовал просто выводить пользовательский файл PDB с Координаты сферы (вы можете использовать поле B-факторов на атомную линию как способ контроля раскраски на атом в пимоле).
Если вы не рисуете молекулярную структуру, вам было бы лучше, используя интерфейс CGO Pymol.
Из документации по Pymol:
Сферы CGO генерируются Сфера командования.
Сфера, x, y, z, d
где x, y, z - координаты Сфера и D - диаметр сфера. Обратите внимание, как команда цвета используется для установки цвета сферы. Как с линиями вам нужен только цвет командовать, когда цвет следующего сфера, которые будут нарисованы изменениями.
Простой пример:
from pymol.cgo import *
from pymol import cmd
spherelist = [
COLOR, 0.100, 1.000, 0.000,
SPHERE, 30.304, 30.407, 30.531,0.30,
COLOR, 1.000, 0.000, 0.000,
SPHERE, 30.250, 30.250, 30.250,0.20,
]
cmd.load_cgo(spherelist, 'segment', 1)