Каковы были бы лучшие способы контролировать mysql производительность и загрузку, запросы в секунду, общее количество запрашивает более чем час и т.д.?
Во-первых, следите за медленными запросами: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/slow-query-log.html
mysqladmin extended
очень полезен. Смотрите http://www.mysql.com/news-and-events/newsletter/2004-01/a0000000301.html для получения некоторых советов.