Доктрина великолепна и очень проста в настройке и использовании с CI. Есть три способа интеграции: 1) способ, описанный в CI wiki 2) как плагин 3) с помощью хуков. Вариант 1 мне не нравится, так как он предполагает возню с системными файлами CI. Вариант 2 очень прост, и я использую его сейчас. Настройка описана на сайте www.phpandstuff.com. Я никогда не пробовал вариант 3, но он звучит интересно - http://blog.medryx.org/2008/10/04/codeigniter-and-doctrine/
Как насчет Datamapper Overzealous Edition
Я думаю, что оригинальный DataMapper (от stensi) больше не разрабатывается. (Кто-нибудь поправьте меня, если я ошибаюсь) Datamapper Overzealous Edition легко заставить работать с Codeigniter.
Я уверен, что Doctrine тоже работает хорошо, но не уверен, насколько легко ее настроить с помощью Codeigniter.
Я бы порекомендовал
http://www.doctrine-project.org/ , он очень популярен, поэтому вы получите знания и сможете использовать их в другие рамы.