Вот мое резюме этой проблемы: 5 способов вызова Java из Python
http://baojie.org/blog/2014/06/16/call-java-from- python / ( cached )
Короткий ответ: Jpype работает очень хорошо и доказан во многих проектах (например, python-pipepipe), но Pyjnius быстрее и проще чем JPype
Я пробовал Pyjnius / Jnius, JCC, javabridge, Jpype и Py4j.
Py4j немного сложнее в использовании, так как вам нужно запустить шлюз, добавив еще один слой хрупкости.