Tomcat реализует только веб-контейнер архитектуры Java Enterprise Edition. Напротив, например, GlassFish реализует полный стек Java EE . Это много обсуждалось по stackoverflow.
Однако для новичка в Java EE, такого как я, трудно представить, что нельзя сделать с Tomcat. Не могли бы вы привести несколько коротких примеров?