Спасибо за все ваши ответы.
Поскольку я использую свой собственный пользовательский класс, Box, у меня есть возможность установить положение моего прямоугольника через метод рисования.
Я понял, что мой класс Box расширяет неправильную вещь. Он должен был расширять javax.swing.Jкомпонент.
Если теперь я использую панель с OverlayLayout, добавьте мои компоненты на эту панель, все они будут отображаться правильно.